Впервые в России идея создания следственного ведомства, организационно и функционально независимого от иных органов государственной власти, была реализована Петром I в ходе судебной реформы, одним из направлений которой стало разделение уголовного процесса на стадии предварительного расследования и судебного разбирательства. В 1713 году были учреждены первые специализированные следственные органы России — «майорские» следственные канцелярии, которые в соответствии с Наказом «майорским» следственным канцеляриям от 9 декабря 1717 года были подчинены непосредственно Петру I. К подследственности этих органов были отнесены дела о наиболее опасных деяниях, посягающих на основы государственности, в первую очередь о преступлениях коррупционной направленности, совершаемых высокопоставленными должностными лицами органов государственной власти (взяточничество, казнокрадство, служебные подлоги, мошенничество). К сожалению, после смерти Петра I учрежденные им независимые следственные органы упразднили, а концепция вневедомственной модели организации следственных органов была надолго забыта.
Лишь в 2007 году в условиях относительной стабильности и консолидации политических сил удалось принять федеральные законы от 5 июня 2007 г. №87-ФЗ «О внесении изменений в Уголовно-процессуальный кодекс РФ и Федеральный закон «О прокуратуре Российской Федерации» и от 6 июня 2007 г. № 90-ФЗ «О внесении изменений в Уголовно-процессуальный кодекс Российской Федерации». В соответствии с этими нормативными правовыми актами из компетенции прокурора были исключены полномочия по процессуальному руководству следствием. Однако самым главным новшеством было то, что следственный аппарат органов прокуратуры стал относительно самостоятельным ведомством. Перечисленные меры создали условия для дальнейшей полной организационной и функциональной независимости следственного органа. Однако на этом этапе вновь созданный Следственный комитет при прокуратуре Российской Федерации еще входил в систему органов прокуратуры, Председатель Следственного комитета при прокуратуре Российской Федерации в связи с занимаемой должностью являлся Первым заместителем Генерального прокурора Российской Федерации, а работники Следственного комитета при прокуратуре Российской Федерации – прокурорскими работниками. Окончательное восстановление петровской вневедомственной модели организации следствия произошло 15 января 2011 года, когда вступил в силу Федеральный закон от 28 декабря 2010 г. № 403-ФЗ «О Следственном комитете РФ», которым установлено, что руководство деятельностью вновь созданного следственного органа осуществляет Президент РФ.
В настоящее время Следственный комитет Российской Федерации не входит ни в структуру какого-либо органа государственной власти, ни в какую-либо из ветвей государственной власти. По сути, реализуемая им следственная власть является продолжением президентской власти и может рассматриваться как элемент сдержек и противовесов в системе разделения властей. Несмотря на относительную «молодость», деятельность и дальнейшее развитие вновь созданного следственного ведомства строится на принципах уважения и преемственности глубоких исторических традиций российского следствия, основы которого были заложены еще Петром I, и которые в новых условиях работы будут последовательно развиваться. При этом основная задача следственного органа остается неизменной – оперативное и качественное расследование преступлений.